官庁の許可が登記事項の変更の効力要件となる場合には、申請書に、官庁の許可書又はその認証がある謄本を添付しなければなりません（商登19条、昭26.8.21民事甲1717号通達、商業登記ハンドブック第4版P181）。
合併や分割の案件ですと、上述の官庁の許認可が合併等の効力要件となっている場合にあたるのか、それを当時会社の登記情報の目的欄を調べ上げることから組織再編の案件は始まると思っています。
一般的に、運輸局管轄の事業には、上記許認可が絡んでくることが多いので注意が必要です。
例えば、下記事業を営む法人の合併や会社分割は、国土交通大臣の認可が効力要件です。
港湾運送事業、一般旅客定期航路事業、一般旅客自動車運送事業、一般貨物自動車運送事業、第二種貨物利用運送事業etc…
余談ですが、酒類の販売や農地を所有している株式会社の分割、保険の代理店業については、許認可は効力要件となっていません。
それぞれ各資格者のスキームがあるでしょうが、私はまず当時会社の登記情報から目的を洗い出すところから始めます。調査方法ですが、登記情報を見て、愚直に条文を読みます。タイトルだけでも読んでいくと、合併等の効力要件になっている場合は、大体は（恐らく）条文のタイトルになっています（当然ながらネットで検索をし、当たりを付けることもします。）。
簡単にですが、合併や分割等官庁の許認可が効力要件となっているときにおける私の取り扱いでした。